ubuntu14.04+ifortの環境に、MPICH3をインストール（前編）

mpich3 ubuntu ifort

現在、２台のそこそこ動く計算機と、１台のとりあえず動く計算機環境があります。それぞれの計算機は、サーバを介してNFS、NISで管理しています。それぞれ４コアの２CPUですので、MPICH3を入れてみます。いまインストール中なので、そのメモ。

まずファイルは、公式サイト（http://www.mpich.org/downloads/）から最新版（mpich-3.1.2）を拾ってきました。NFSでつながっているので、「マウントされとる場所で展開してインストールすれば、１回で済むがね。（名古屋弁）」と思い、そのまま実行しましたが、書き込み権限がないとかエラーで停止してしまう。rootなのに・・・と思い、色々調べようとしましたが、よくわかりませんでした。たぶんNFSの関係で再起動とかすればいいと思うのですが、１週間ほど計算を回しっ放しで、さらに３〜４日かかる予定なので、あきらめてそれぞれのマシンにインストールすることにしました。
以下のような感じです。

インストール場所：/opt/mpich3
ファイルの場所：/opt/mpich-3.1.2.tar.gz
fortran：ifort

本来あまりよろしくないですが、初めからrootになってインストールしました。まずインストールフォルダの作成とファイルの展開

$ su
# cd /opt/
# mkdir mpich3
# tar zxvf mpich-3.1.2.tar.gz

ここで「$」は、一般ユーザでのコマンド入力、「#」はrootでのコマンド入力を表しています。過去の記事も、そのような書き方に変えたほうが良いと思いますが、めんどくさいのでやってません。変えました。
展開後、展開したフォルダに移動して、configureとかmakeとかします。別の端末を開いて、READMEを見ながら進めると、わかりやすいです。

# cd mpich-3.1.2
# less README

すると、英語で色々書いてありますが、とりあえずシェルの違いで入力するコマンドが異なるようです。

# echo $SHELL
/bin/bash

と打つと、自分のシェルがわかります。私の環境はbashだったので、上のような返答がありました。そのため、READMEのbashに該当するコマンドを、自分の環境に合わせて入力していきます。

# ./configure --prefix=/opt/mpich3 2>&1 | tee c.txt

いろいろ出てきますが、ifortは勝手に認識、選択してくれるみたいです。その後、

# make 2>&1 | tee m.txt

さらにインストール

# make install 2>&1 | tee mi.txt

です。あとは、パスを通して確認するだけです。全てのユーザに設定が反映されて欲しいので、/etc/bash.bashrcファイルの最後に、以下のような内容を追加しました。

########
# 2014.9.12
# Added by ohzeki
#
PATH=/opt/mpich3/bin:$PATH ; export PATH

ここで一度ログアウトして、再度ログインすると、上記の設定が読み込まれるはずです。確認のため、

$ which mpicc
/opt/mpich3/bin/mpicc

となり、パスが通っていることがわかります。（後編へ続く）